配合中央行政機關組織基準第七條第二款及第三款，規定本局之設立目的及隸屬關係。

一、本條新增。
二、配合中央行政機關組織基準法第七條第四款，規定本局之權限職掌，至於各內部單位之業務分工將依該法第八條第一項之規定，另以處務規程定之。
三、第三款至第五款有關醫務管理、藥品特材、醫療服務審查及醫療品質提升等業務，涉及高度之醫療專業，爰另於修正條文第三條增列第二項規定。

一、條次變更，本條為原條文第二條移列。
二、本局原總經理、副總經理職稱改為局長、副局長，並考量全民健康保險服務範圍及對象涵蓋臺澎金馬全國二千三百萬國民，每年四千餘億醫療預算，負責增進全民健康，落實並保障全體國民獲得妥適之醫療照護。故本局局長之職務列等，將其列為簡任第十三職等；副局長輔助局長處理繁雜局務，故將其職務列簡任第十二職等，並依據中央行政機關組織基準法第十九條第三項規定，置副首長二人；惟考量現行實務上本局置有副總經理三人，各司其職且責任均甚為繁重，為利制度銜接之需要，爰權宜於編制表內設副局長員額三人，以便於制度銜接過程中得保留現行三名副總經理輔佐制度轉型及業務銜接，直至其中一人離職為止。
三、本局及各分局醫療審查、醫療支付標準研擬及門住診審查工作，涉及高度醫療專業，有由醫療專才人員擔任之實際需求，故目前本局總經理、副總經理及分局經理、副經理職務經報奉行政院核准具有醫師資格人員得領取「醫師不開業獎金」，本局用人回歸行政機關人事制度後，局長、副局長及醫務管理相關業務組之組長均必須負責督導執行前述各項醫療技術等專門業務，確有設置「醫事職務」必要性。為便於延攬醫事專業人才，以應本局辦理醫療相關業務之需，爰配合增列第二項，規定本局得依醫事人員人事條例之規定進用局長或副局長，至於組長部分因無須於本法中規定，將另為處理。

一、本條新增。
二、配合中央行政機關組織基準法第七條第七款及第二十條第一項之規定，置主任秘書，作為幕僚長。

一、條次變更，本條為原條文第二十五條移列。
二、中央政府機關總員額法草案已授權各機關訂定編制表，於其完成立法程序後，相關組織法案即無庸訂定授權另定編制表之規定。惟於其完成立法及公務人員任用法第六條修正前，為使本局用人職稱之官等職等及員額，有所依據，爰增列第一項規定。
三、中央政府機關總員額法草案擬訂時並未將本局回歸行政機關用人制度所需編制員額考量在內，為免掛漏致生滯礙，並為配合未來聯合門診中心之裁撤，爰將原條文各項合併修正，列為第二項。

一、本條新增。
二、照黨團協商條文通過。

一、本條新增。
二、本局回歸行政機關用人制度時，預算編製方式亦須有所調整，故如本法於年度中施行，為使制度無縫接軌，預算處理方式即有特別規定必要，爰為本規定。

一、本條新增。
二、本局回歸行政機關用人制度時，預算編製方式亦須有所調整，原為全民健保財務收支所設之營業基金，性質即有不宜，爰於本條規定應置特種基金，至於全民健康保險法第八十三條有關設營業基金規定，將另配合刪除。

一、條次變更，本條為原條文第二十九條移列。
二、本局配合中央行政機關組織基準法相關規定進行組織調整，以及回歸行政機關用人制度，有諸多制度轉銜事宜籌備需時，爰將本法施行日期，授權由行政院以命令定之。