配合「衛生福利部組織法」組織改造，修正主管機關「行政院衛生署」為「衛生福利部」。

一、民國九十九年調整行政區域劃分後，部分縣市合併改制或原有直轄市合併改制為新直轄市，合併前行政區域內既有之縣市醫事檢驗師公會，於合併後依原條文「在同一區域內，同級之公會以一個為限」之規定，必須整併為一個同級公會，但各公會成立在先，多數已營運數十年且擁有自由資產、文化與共識，而行政區域調整變更後，需強制其合併或解散，有違信賴保護原則。
二、依公民與政治權利國際公約及經濟社會文化權利國際公約，強調現行法令實應依尊重團體自治自律原則檢討修正，俾符合憲法第十四條保障人民結社權利及公民與政治權利國際公約第二十二條之規定。故原條文已使各區域之醫事檢驗師公會組織因行政區域調整而有所改變，影響其行之有年之營運體制，有修正之必要。
三、爰此，修訂原條文末段為「但於行政區域調整變更前已成立者，不在此限。」以尊重團體自治之原則下，保障醫事檢驗師會員權益，並維護其信賴利益。