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第二條
原條文
102/05/31 修正版本
本法主管機關：在中央為行政院衛生署；在直轄市為直轄市政府；在縣（市）為縣（市）政府。
103/05/20 修正版本
說明
因應行政院組織改制，修正中央主管機關「行政院衛生署」為「衛生福利部」。
第二十三條
原條文
102/05/31 修正版本
國內發生流行疫情時，地方主管機關對於各種已經證實媒介傳染病之飲食物品、動物或動物屍體，於傳染病防治之必要下，應切實禁止從事飼養、宰殺、販賣、贈與、棄置，並予以撲殺、銷毀、掩埋、化製或其他必要之處置。
主管機關基於傳染病防治必要，對於有媒介傳染病之虞之動物，準用前項禁止、處置之規定。
主管機關基於傳染病防治必要，對於有媒介傳染病之虞之動物，準用前項禁止、處置之規定。
103/05/20 修正版本
說明
一、原條文第一項及第二項未修正。
二、為防範可能嚴重影響國民健康之人畜共通動物傳染病，爰增訂第三項，對發生重大人畜共通動物傳染病之動物，中央主管機關應商請中央農業主管機關，依動物傳染病防治條例相關通報、撲殺及補償等防治規定為必要之處置，以利防疫時效性，維護國民健康並保障人民財產權。
二、為防範可能嚴重影響國民健康之人畜共通動物傳染病，爰增訂第三項，對發生重大人畜共通動物傳染病之動物，中央主管機關應商請中央農業主管機關，依動物傳染病防治條例相關通報、撲殺及補償等防治規定為必要之處置，以利防疫時效性，維護國民健康並保障人民財產權。
第五十一條
原條文
102/05/31 修正版本
中央主管機關於傳染病發生或有發生之虞時，得緊急專案採購藥品、器材，免依藥事法有關規定辦理查驗登記手續。
103/05/20 修正版本
說明
一、在緊急狀況之際，中央主管機關為因應傳染病疫情，得以緊急專案的方式採購藥品。惟常因情事緊急，未能於第一時間盡相關的安全檢測，無法為國人的用藥安全把關；又因原本的法條未予要求，是故中央主管機關亦常便宜行事，以致於事後亦難知可能的風險。為避免此種情形發生，增訂第一項後段，以保障國人的用藥安全。
二、惟因緊急狀況之下，極有可能發生新藥不能符合檢驗登記的事項，以致於無法在臺灣上市。依此，在無其他藥品可替代的緊急狀況，應賦予中央主管機關裁量權，依實際狀況決定是否仍核准國內使用新藥，並告知民眾相關風險，以讓民眾得以自由選擇、評估相關風險。
二、惟因緊急狀況之下，極有可能發生新藥不能符合檢驗登記的事項，以致於無法在臺灣上市。依此，在無其他藥品可替代的緊急狀況，應賦予中央主管機關裁量權，依實際狀況決定是否仍核准國內使用新藥，並告知民眾相關風險，以讓民眾得以自由選擇、評估相關風險。
