本法所稱流行疫情，指傳染病在特定地區及特定時間內，發生之病例數超過預期值或出現集體聚集之現象。
本法所稱港埠，指港口、碼頭及航空站。
本法所稱醫事機構，指醫療法第十條第一項所定醫事人員依其專門職業法規規定申請核准開業之機構。
本法所稱感染性生物材料，指傳染病病原體與其具感染性衍生物，及經確認含有此等病原體或衍生物之物質。

各醫事機構、學術或研究機構及其所屬人員發表之傳染病訊息或傳播媒體報導流行疫情，有錯誤或不實，經主管機關通知其更正者，應立即更正。

中央主管機關為推動兒童及國民預防接種政策，應設置基金，辦理疫苗採購及預防接種工作。
前項基金之來源如下：
一、政府編列預算之補助。
二、公益彩券盈餘、菸品健康福利捐。
三、捐贈收入。
四、本基金之孳息收入。
五、其他有關收入。
前項第三款之任何形式捐贈收入，不得使用於指定疫苗之採購。
疫苗基金運用於新增疫苗採購時，應依據中央主管機關傳染病諮詢委員會建議之項目，依成本效益排列優先次序並於次年開始編列經費採購。其相關會議應錄音，並公開其會議詳細紀錄。成員應揭露以下之資訊：
一、本人及所屬團體接受非政府補助之研究計畫及金額。
二、所擔任與疫苗相關之事業機構或財團法人董、監事或顧問職務。
兒童之法定代理人，應使兒童按期接受常規預防接種，並於兒童入學時提出該紀錄。
國民小學及學前教（托）育機構對於未接種之新生，應輔導其補行接種。

醫療機構應配合中央主管機關之規定執行感染控制工作，並應防範機構內發生感染；對於主管機關進行之輔導及查核，不得拒絕、規避或妨礙。
醫療機構執行感染控制之措施、主管機關之查核基準及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

醫師診治病人或醫師、法醫師檢驗屍體，發現傳染病或疑似傳染病時，應立即採行必要之感染控制措施，並報告當地主管機關。
前項病例之報告，第一類、第二類傳染病，應於二十四小時內完成；第三類傳染病應於一週內完成，必要時，中央主管機關得調整之；第四類、第五類傳染病之報告，依中央主管機關公告之期限及規定方式為之。
醫師對外說明相關個案病情時，應先向當地主管機關報告並獲證實，始得為之。
醫事機構、醫師或法醫師應依主管機關之要求，提供傳染病病人後續之相關檢驗結果及治療情形，不得拒絕、規避或妨礙。
第一項及前項報告或提供之資料不全者，主管機關得限期令其補正。

傳染病病人之體液、分泌物、排泄物與其他可能具傳染性物品之採檢、檢驗與報告、確定及消毒，應採行下列方式：
一、採檢：傳染病病人檢體，由醫師採檢為原則；接觸者檢體，由醫師或其他醫事人員採檢；環境等檢體，由醫事人員或經採檢相關訓練之人員採檢。採檢之實施，醫事機構負責人應負督導之責；病人及有關人員不得拒絕、規避或妨礙。
二、檢驗與報告：第一類及第五類傳染病之相關檢體，應送中央主管機關或其指定之具實驗室能力試驗證明之地方主管機關、醫事機構、學術或研究機構檢驗；其他傳染病之檢體，得由中央主管機關委託或認可之衛生、醫事機構、學術或研究機構檢驗。檢驗結果，應報告地方及中央主管機關。
三、確定：傳染病檢驗結果，由中央主管機關或其指定、委託、認可之檢驗單位確定之。
四、消毒：傳染病病人之體液、分泌物、排泄物及其他可能具傳染性之物品，醫事機構應予實施消毒或銷毀；病人及有關人員不得拒絕、規避或妨礙。
前項第一款病人檢體之採檢項目、採檢時間、送驗方式及第二款檢驗指定、委託、認可機構之資格、期限、申請、審核之程序、檢體及其檢出病原體之保存及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

醫事機構或當地主管機關對於因傳染病或疑似傳染病致死之屍體，應施行消毒或其他必要之處置；死者家屬及殯葬服務業不得拒絕、規避或妨礙。
前項之屍體，中央主管機關認為非實施病理解剖不足以瞭解傳染病病因或控制流行疫情者，得施行病理解剖檢驗；死者家屬不得拒絕。
死者家屬對於經確認染患第一類傳染病之屍體應於二十四小時內、染患第五類傳染病之屍體應於中央主管機關公告之期限內入殮並火化；其他傳染病致死之屍體，有特殊原因未能火化時，應報請地方主管機關核准後，依規定深埋。
第二項施行病理解剖檢驗者，由中央主管機關訂定補助標準，補助其喪葬費用。

中央主管機關為防止傳染病傳入、出國（境），得商請相關機關採行下列措施：
一、對入、出國（境）之人員、運輸工具及其所載物品，採行必要防疫、檢疫措施，並得徵收費用。
二、依防疫需要，請運輸工具所有人、管理人、駕駛人或代理人，提供主管機關指定之相關文件，且不得拒絕、規避或妨礙，並應保持運輸工具之衛生。
對於前項及前條第一項規定之相關防疫、檢疫措施與所需之場地及設施，相關主管機關應配合提供或辦理。
第一項及前條第一項檢疫方式、程序、管制措施、處置及其他應遵行事項等規則；其費用徵收之對象、金額、繳納方式、期間及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

明知自己罹患第一類傳染病或第五類傳染病，不遵行各級主管機關指示，致傳染於人者，處三年以下有期徒刑、拘役或新臺幣五十萬元以下罰金。

有下列情事之一者，除逕行強制處分外，並得處新臺幣六萬元以上三十萬元以下罰鍰：
一、違反第二十條第二項規定之儲備、調度、屆效處理或拒絕主管機關查核、第三十條第四項之繳交期限、地方主管機關依第三十五條規定所為之限制、禁止或處理。
二、拒絕、規避或妨礙主管機關依第二十九條第二項所為查核或第三十七條第一項第一款至第五款所採行之措施。
三、違反第三十八條、第四十三條第二項、第四十六條第一項或第五十條第三項規定。
四、違反主管機關依第四十八條第一項規定所為之留驗、檢查、預防接種、投藥及其他必要處置之命令。
五、拒絕、規避或妨礙各級政府機關依第五十二條、第五十三條第二項或第五十四條第一項所為之優先使用、徵調、徵用或調用。
醫事機構違反第三十二條第一項之執行或查核，或未符同條第二項之查核基準，處新臺幣六萬元以上十五萬元以下罰鍰；必要時，並得限期令其改善，屆期未改善者，按次處罰之。

有下列情事之一者，處新臺幣一萬元以上十五萬元以下罰鍰；必要時，並得限期令其改善，屆期未改善者，按次處罰之：
一、違反第十一條、第十二條、第三十一條、第三十三條第二項、第五十八條第三項、第五十九條第一項或中央主管機關依第三十四條第三項授權所定辦法有關持有、使用感染性生物材料、實驗室生物安全管理及陳報主管機關之規定。
二、未依第四十二條規定通知。
三、違反主管機關依第四十四條第一項、第四十五條第一項或第六十條規定所為之限制、禁止或隔離命令。
四、違反第四十六條第一項第二款、第四款、第四十九條、第五十條第一項規定，未配合檢驗、報告、消毒或處置。
有前項各款情形之一者，主管機關得逕行強制處分。