經中央主管機關公告類別與規模之食品業者，應依其產業模式，建立產品原材料、半成品與成品供應來源及流向之追溯或追蹤系統。
中央主管機關為管理食品安全衛生及品質，確保食品追溯或追蹤系統資料之正確性，應就前項之業者，依溯源之必要性，分階段公告使用電子發票。
中央主管機關應建立第一項之追溯或追蹤系統，食品業者應以電子方式申報追溯或追蹤系統之資料，其電子申報方式及規格由中央主管機關定之。
第一項追溯或追蹤系統之建立、應記錄之事項、查核及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。

經中央主管機關公告之食品、食品添加物、食品器具、食品容器或包裝及食品用洗潔劑，其製造、加工、調配、改裝、輸入或輸出，非經中央主管機關查驗登記並發給許可文件，不得為之；其登記事項有變更者，應事先向中央主管機關申請審查核准。
食品所含之基因改造食品原料非經中央主管機關健康風險評估審查，並查驗登記發給許可文件，不得供作食品原料。
經中央主管機關查驗登記並發給許可文件之基因改造食品原料，其輸入業者應依第九條第二項所定辦法，建立基因改造食品原料供應來源及流向之追溯或追蹤系統。
第一項及第二項許可文件，其有效期間為一年至五年，由中央主管機關核定之；期滿仍需繼續製造、加工、調配、改裝、輸入或輸出者，應於期滿前三個月內，申請中央主管機關核准展延。但每次展延，不得超過五年。
第一項及第二項許可之廢止、許可文件之發給、換發、補發、展延、移轉、註銷及登記事項變更等管理事項之辦法，由中央主管機關定之。
第一項及第二項之查驗登記，得委託其他機構辦理；其委託辦法，由中央主管機關定之。
本法中華民國一百零三年一月二十八日修正前，第二項未辦理查驗登記之基因改造食品原料，應於公布後二年內完成辦理。

有下列行為之一者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰；情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項，或食品業者之登錄；經廢止登錄者，一年內不得再申請重新登錄：
一、違反中央主管機關依第四條所為公告。
二、違反第七條第五項規定。
三、食品業者依第八條第三項、第九條第一項或第三項規定所登錄、建立或申報之資料不實，或依第九條第二項開立之電子發票不實致影響食品追溯或追蹤之查核。
四、違反第十一條第一項或第十二條第一項規定。
五、違反中央主管機關依第十三條所為投保產品責任保險之規定。
六、違反直轄市或縣（市）主管機關依第十四條所定管理辦法中有關公共飲食場所衛生之規定。
七、違反第二十一條第一項及第二項、第二十二條第一項或依第二項及第三項公告之事項、第二十四條第一項或依第二項公告之事項、第二十六條或第二十七條規定。
八、除第四十八條第八款規定者外，違反中央主管機關依第十八條所定標準中有關食品添加物規格及其使用範圍、限量之規定。
九、違反中央主管機關依第二十五條第二項所為之公告。
十、規避、妨礙或拒絕本法所規定之查核、檢驗、查扣或封存。
十一、對依本法規定應提供之資料，拒不提供或提供資料不實。
十二、經依本法規定命暫停作業或停止販賣而不遵行。
十三、違反第三十條第一項規定，未辦理輸入產品資訊申報，或申報之資訊不實。
十四、違反第五十三條規定。

有下列行為之一者，經命限期改正，屆期不改正者，處新臺幣三萬元以上三百萬元以下罰鍰；情節重大者，並得命其歇業、停業一定期間、廢止其公司、商業、工廠之全部或部分登記事項，或食品業者之登錄；經廢止登錄者，一年內不得再申請重新登錄：
一、違反第七條第一項規定未訂定食品安全監測計畫、第二項或第三項規定未設置實驗室。
二、違反第八條第三項規定，未辦理登錄，或違反第八條第五項規定，未取得驗證。
三、違反第九條第一項規定，未建立追溯或追蹤系統。
四、違反第九條第二項規定，未開立電子發票致無法為食品之追溯或追蹤。
五、違反第九條第三項規定，未以電子方式申報或未依中央主管機關所定之方式及規格申報。
六、違反第十條第三項規定。
七、違反中央主管機關依第十七條或第十九條所定標準之規定。
八、食品業者販賣之產品違反中央主管機關依第十八條所定食品添加物規格及其使用範圍、限量之規定。
九、違反第二十二條第四項或第二十四條第三項規定，未通報轄區主管機關。
十、違反第三十五條第四項規定，未出具產品成分報告及輸出國之官方衛生證明。
十一、違反中央主管機關依第十五條之一第二項公告之限制事項。

犯本法之罪者，因犯罪所得財物或財產上利益，除應發還被害人外，不問屬於犯罪行為人與否，沒收之；如全部或一部不能沒收時，應追徵其價額或以其財產抵償之。但善意第三人以相當對價取得者，不在此限。
為保全前項財物或財產上利益之沒收，其價額之追徵或財產之抵償，必要時，得酌量扣押其財產。
依第一項規定對犯罪行為人以外之自然人、法人或非法人團體為財物或財產上利益之沒收，由檢察官聲請法院以裁定行之。法院於裁定前應通知該當事人到場陳述意見。
聲請人及受裁定人對於前項裁定，得抗告。
檢察官依本條聲請沒收犯罪所得財物、財產上利益、追徵價額或抵償財產之推估計價辦法，由行政院定之。

中央主管機關為保障食品安全事件消費者之權益，得設立食品安全保護基金，並得委託其他機關（構）、法人或團體辦理。
前項基金之來源如下：
一、違反本法罰鍰之部分提撥。
二、依本法科處並繳納之罰金、沒收、追徵或抵償之現金或變賣所得。
三、依本法或行政罰法規定沒入、追繳、追徵或抵償之不當利得部分提撥。
四、基金孳息收入。
五、捐贈收入。
六、循預算程序之撥款。
七、其他有關收入。
前項第一款及第三款來源，以其處分生效日在中華民國一百零二年六月二十一日以後者適用。
第一項基金之用途如下：
一、補助消費者保護團體因食品衛生安全事件依消費者保護法之規定，提起消費訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
二、補助經公告之特定食品衛生安全事件，有關人體健康風險評估費用。
三、補助勞工因檢舉雇主違反本法之行為，遭雇主解僱、調職或其他不利處分所提之回復原狀、給付工資及損害賠償訴訟之律師報酬及訴訟相關費用。
四、補助依第四十三條第二項所定辦法之獎金。
五、補助其他有關促進食品安全之相關費用。
中央主管機關應設置基金運用管理監督小組，由學者專家、消保團體、社會公正人士組成，監督補助業務。
第四項基金之補助對象、申請資格、審查程序、補助基準、補助之廢止、前項基金運用管理監督小組之組成、運作及其他應遵行事項之辦法，由中央主管機關定之。