一、參考能源管理法第一條規定，將原條文修正列為二項規定，分別規範本條例立法目的與園區之選定及設置程序。
二、園區名稱由「加工出口區」修正為「科技產業園區」，以符合園區發展定位與產業現況。
三、立法目的改以多元、彈性之用語，以呼應當前產業政策與園區名稱調整。
四、修正條文第二條已明定本條例之主管機關為經濟部，依實務及參照科學園區設置管理條例第一條第二項規定，園區之設置由主管機關選擇適當地區，劃定範圍，報請行政院設置。

一、本條新增。
二、依法制體例，明定本條例之主管機關。

一、條次變更。
二、配合修正條文第一條第二項之修正，將「加工出口區」修正為「園區」。

一、條次變更。
二、配合修正條文第二條之增訂，將第一項之「經濟部」修正為「主管機關」。
三、第一項、第二項將「加工出口區」修正為「園區」，理由同前條說明二。

一、本條由原條文第四條及第五條合併修正。
二、原條文第四條第一項與原條文第五條第一項關於管理處掌理事項，整併為修正條文第一項，原條文第五條第二項及第三項，移列第二項及第三項。說明如下：
(一)第一項序文、第三項，將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同前條說明二；「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二；餘作文字修正。
(二)原條文第一項第一款，依實務需要及法制體例，移入第二項，爰予刪除；其後各款依序向前遞移。
(三)原條文第一項第十三款移列第十二款，配合勞工安全衛生法業於一百零二年七月三日修正公布名稱為職業安全衛生法，爰修正文字。
(四)依現行實務，對於第一項第八款至第十九款事項，各園區設有分處時，得由該分處掌理，並受管理處之指揮監督，爰修正第二項文字。其業務管理相關規定之訂定，於第三項併予明定。
三、原條文第四條第二項，因中央行政機關組織基準法第四條第一項已有相關規範，爰予刪除。

一、將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。
二、將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。

將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、第一項將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二；餘修正文字。
二、第二項未修正。

一、第一項修正，申請設立區內事業者之申請書，係由管理處或分處收件後，擬具初審意見送有關機關組成之審查小組審查，並由管理處予以核定，為符實務作業，爰予修正，後段授權訂定規定移至第三項，爰予刪除。
二、就未依投資計畫完成或經營，且無意改善或變更經營者，訂定退場機制，得廢止其投資案並勒令其限期遷出園區，俾增進園區發展，爰增訂第二項。
三、原條文第一項後段修正後移列第三項。區內事業之申請設立審查及投資計畫管理涉及人民權利義務，爰於本項明確授權主管機關訂定投資計畫之審查、實施、完成、延期、變更與廢止等相關業務審查管理辦法。

一、條次變更。
二、第一項、第二項均未修正。
三、第三項配合所引用之條次變更，修正第四款，餘作文字修正。
四、第四項未修正。
五、第五項配合所引用之條次變更，爰予修正。
六、第六項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、為明確權責，酌作文字修正。

條次變更，餘未修正。

一、條次變更。
二、第一項、第二項將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第三項、第四項均未修正。

一、條次變更。
二、第一項、第四項將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第二項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。
四、第三項未修正。
五、第五項修正第二款，說明如下：
(一)配合所引用之條次變更，爰予修正。
(二)將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。

一、條次變更。
二、第一項、第三項均未修正。
三、第二項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、第一項修正序文，將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第二項、第三項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。

一、條次變更。
二、第一項將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第二項修正第六款，說明如下：
(一)配合修正條文第十條第二項增訂勒令遷出園區規定，及引用之條次變更，爰予修正。
(二)將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
四、第三項、第五項及第六項，均未修正。
五、第四項、第七項，將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、本條新增。
二、園區設置之目的，在於增進國家經濟發展及提升產業創新能量，爰給予對應之低廉土地租稅鼓勵措施。然園區土地資源有限，應達發展經濟及產業創新之目的使用，始符合本條例宗旨。現行管理處或分處就園區土地之使用情形不符合本條例規範者，雖得透過終止土地租約、協議價購、徵收等方式處理，惟仍面臨實務操作上之阻礙，例如編列預算價購建物後卻無廠商進駐、訴請拆屋還地卻遭法院駁回、經法院多次拍賣後底價過低為無益拍賣等不合公共利益及經濟效益之情事。據此，凡有前條第二項第二款及第六款情形者，不僅消耗國家資源、排除有意願之廠商進駐可能、降低園區產能，並阻礙國家整體產業之進步，爰參酌產業創新條例第四十六條之一及科學園區設置管理條例第二十條，增訂本條強制拍賣之規定。
三、本條所定之行政管制措施雖涉及限制廠房及有關建築物所有權人處分之自由，惟管理處或分處依園區設立之目的，應爭取時效作符合產業創新、升級及發展經濟目的之使用，故由國家開發設置之園區，其進駐廠商對於園區內享有之優惠及資源應有較高之社會義務，倘其廠房及有關建築物未符合原投資計畫核准目的性之使用，自與本條例之立法宗旨相違背。爰增訂相關行政管制措施，應具有目的正當性。
四、參照科學園區設置管理條例採「漸進式之多元行政管制措施」，依序包含行政指導、限期改善、罰鍰及協商等先行機制，促其儘速依法完成建築使用。為給予有前條第二項第二款「不當使用」情形之在區內營業之事業，改善其私有廠房及有關建築物未合於立法目的使用之緩衝時間，於強制拍賣前給予二年處理期限，爰為第二項規定。
五、依第二項公告於二年內完成改善使用情形不當之廠房及有關建築物，因經囑託該管地政機關辦理註記登記，具有公示效力，故於該二年內若發生建物所有權人變更之情事，二年期間仍應繼續進行，不因而中斷；但有不可歸責事由致遲誤之期間應予扣除，有正當理由並得請求延展期限，爰於第三項定之。
六、如建物所有權人於二年改善期限屆期，仍持續不當使用廠房及有關建築物而未改善，顯見其已無意願合於立法目的使用，爰於第四項明定處以罰鍰，以促使建物所有權人積極改善，並得通知建物所有權人於一個月內提出改善計畫；管理處或分處於接獲改善計畫後得通知建物所有權人進行協商。
七、建物所有權人未依第四項規定遵期提出改善計畫、屆期未與管理處或分處完成協商或有前條第二項第六款情形者，管理處或分處基於促進園區土地、廠房及有關建築物合於立法目的使用及發展國家經濟之公共利益，得決定是否啟動公開強制拍賣之程序，爰為第五項規定。又所稱有關建築物，例如辦公室、停車塔、桶槽、氣槽、配電室、倉庫、從業員工福利設施、雜物間等。另為符合依法行政原則，作成之書面處分自應明確記載將強制拍賣之廠房及有關建築物，爰授權訂定之子法將明定處分書應記載之事項，併予敘明。
八、有關強制拍賣囑託法務部行政執行署所屬各分署辦理之，其程序準用行政執行法之規定，爰於第六項定之。
九、為符合憲法保障財產權之意旨，強制拍賣之廠房及有關建築物，如有投標無效、應買人所出之最高價未達查估市價審定之合理價格等情形，不得拍定，爰為第七項規定。
十、倘有第七項不得拍定情形，管理處或分處得以同一或另定合理價格，依規定囑託重行拍賣，以利續行拍賣程序，促進園區土地、廠房及有關建築物活化利用，發揮特設園區之資源最大化，爰於第八項定之。另因本條所定之強制拍賣，並非管理處或分處以債權人之地位取得執行名義後依強制執行法進行之程序，而係依本條為特別之公開強制拍賣規定，故有關另定合理價格囑託重行拍賣，所定之價格不受強制執行法第八十條之一第一項無益執行之禁止及同法第一百一十三條準用第五十條之一第一項及第二項無益查封之禁止之限制，係屬當然，為免疑義，併予敘明。
十一、為避免應強制拍賣之廠房，因所有權之移轉、分割、合併、設定負擔或他項權利，致無法達成強制拍賣之目的，爰第九項明定去除其他權利與限制及應點交之規定。
十二、第十項明定有關前九項公告及通知事項、不可歸責事由、囑託登記之事項、查估市價審定之方法、程序、應買人之資格與應遵守取得廠房及有關建築物之使用條件、囑託及強制拍賣相關程序、與金錢債權執行程序競合及抵押權人參與分配之處理等相關事項之辦法；及依本條所為之強制拍賣，如與行政執行或強制執行之拍賣競合，例如民事法院因民事債權人聲請，實施強制執行時，發現執行標的業經行政執行署分署依本條規定查封或依本條規定執行強制拍賣時，究應如何處理，恐生爭議；另本條規定之強制拍賣，並非金錢債權之執行程序，債權人不得參與分配，惟因本條規定係採強制塗銷主義，拍定後抵押權及他項權利全部塗銷，是為貫徹賸餘主義及塗銷主義之精神，對於債權不論是否屆清償期之抵押權人，應准其參與分配，爰將抵押權人參與分配之相關事項，於第十項明定授權主管機關於辦法訂定之。

一、條次變更。
二、第一項將第三款之「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第二項及第四項，均未修正。
四、第三項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、第一項、第二項均未修正。
三、第三項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、第一項、第三項，將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。
三、第一項之「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
四、第二項未修正。

條次變更，餘未修正。

條次變更，餘未修正。

一、條次變更。
二、將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。

條次變更，餘未修正。

一、條次變更。
二、第一項、第三項，將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第二項未修正。

一、本條新增。
二、參考科學園區設置管理條例第二十八條規定，新增園區管理處與相關機關進行創新合作，及相關辦法。
三、園區事業與各學校及學術研究機構對於園區人才之培育，新技術之研究發展，以及技術人員與儀器設備之交流運用，應共同配合辦理，爰於第一項明定，以充分發揮產學合作之功能。
四、第二項明定產學合作應制定實施方案，技術人員與儀器設備之交流運用，應訂定辦法。

一、條次變更。
二、第一項將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。
三、第二項將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、第一項修正序文、第一款至第三款，將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二；餘修正文字。
三、第二項未修正。

一、條次變更。
二、配合所引用之條次變更，爰予修正。
三、為符處罰明確性原則，明定違反規定之具體構成要件。
四、將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。

一、條次變更。
二、配合所引用之條次變更，爰予修正。

修正通過。

一、條次變更。
二、為配合所引用之條次變更，及符合處罰明確性原則，修正部分文字。

條次變更，餘未修正。

條次變更，餘未修正。

一、條次變更。
二、配合所引用之條次變更，爰予修正。
三、將「加工出口區」修正為「園區」，理由同修正條文第三條說明二。

條次變更，餘未修正。

條次變更，餘未修正。

一、條次變更。
二、將「經濟部」修正為「主管機關」，理由同修正條文第四條說明二。

一、條次變更。
二、本條例本次為全案修正，依法制體例，末條之修正以新制定案之方式處理，爰將原第二項刪除。
三、考量行政作業時間，明定施行日期由行政院定之。