一、依九十八年四月二十二日修正公布之所得稅法第十四條及第八十八條規定，自九十九年一月一日起，結構型商品交易所得屬所得稅法第十四條第一項第十類之其他所得，應由扣繳義務人於給付時，依規定之扣繳率扣取稅款；依九十八年十月二十八日修正發布之各類所得扣繳率標準第三條規定，國際金融業務分行（以下簡稱OBU）須對境外客戶從事結構型商品交易所得額就源扣繳百分之十五之所得稅，與九十八年四月二十二日所得稅法修正前，結構型商品交易所得區分為利息所得及財產交易所得，境外客戶於OBU從事結構型商品交易之所得，依現行條文及各類所得扣繳率標準第十一條規定免予就源扣繳之規定，並不相同。
二、OBU提供境外客戶從事結構型商品交易，為其吸引國際資金集資方式之一，參酌鄰近香港、新加坡對境外客戶從事結構型商品之所得均不予課稅，且國際金融業務條例立法，本即賦予稅賦免稅誘因，以吸引境外資金匯集。為維持我國區域金融中心競爭力，避免對OBU支付之該所得課稅造成資金外流之不利影響，爰修正本條，將結構型商品交易之所得納入免予扣繳所得稅之範圍，並追溯自九十九年一月一日施行。

配合本法修正條文第十六條第二項之增訂，修正本條例施行日期之規定。