替代役役男除本條例另有規定者外，享有下列權利：
一、學生保留學籍，職工保留底缺年資。
二、參加政府舉辦之考試時，給予公假。
三、乘坐公營交通運輸工具或進入公營歌劇影院等公共娛樂場所時，得予減費優待。
四、其家屬不能維持生活時，由政府扶助。
五、服役期間發生病、傷、身心障礙或死亡事故，經發布通報者，由主管機關發給一次慰問金。
六、替代役役男因公致病、傷或身心障礙，於退役、停役後，生計艱難需長期醫療或就養者，視同國軍退除役官兵，依國軍退除役官兵輔導條例及相關法令規定申請輔導安置；其慰問金及安養津貼之發給，由主管機關辦理。但第三階段研發替代役或產業訓儲替代役役男，不適用之。
七、因公死亡者，政府負安葬之責。
八、其家屬就醫之補助，比照常備兵家屬就醫相關規定辦理。
九、傷病住院屆滿役期未癒，經主管機關准予繼續治療者，由主管機關發給照護金。
前項替代役役男權利作業程序、優待、補助、照護及其他應遵行事項之辦法，由主管機關擬訂，報請行政院核定。
第一項第六款因公致病、傷或身心障礙者申請輔導安置之認定程序，由主管機關會商相關業務主管機關定之。

請卹及請領各期撫卹金權利之時效，自請卹或請領事由發生之次月起，經過五年不行使而消滅。但因不可抗力之事由，致不能行使者，其時效中斷；時效中斷者，自中斷之事由終止時，重行起算。

替代役役男之保險，業務劃分如下：
一、全民健康保險：由中央健康保險局依全民健康保險法規定辦理。
二、替代役役男一般保險：由主管機關委託其他機關或公營事業機構辦理。
三、團體意外保險：由主管機關每年對外公開招標辦理；其保險內容及相關規定，由主管機關定之。
四、駐外醫療保險及兵災險：由需用機關視駐在國國情及醫療水準訂定保險內容及相關規定辦理之。

替代役役男一般保險給付項目包括死亡給付、殘廢給付，均以被保險人事故發生月份之保險基數金額為標準計算。
前項保險給付如有短絀，應由國庫撥補。

被保險人之眷屬因疾病或意外傷害而致死亡者，依下列基準，給與喪葬津貼：
一、父母及配偶，給付三個基數。
二、子女之喪葬津貼如下：
(一)年滿十二歲者，給付二個基數。
(二)已為出生登記且未滿十二歲者，給付一個基數。
符合請領同一眷屬喪葬津貼之被保險人有數人時，應自行協商，推由一人檢證請領；具領之後，不得更改。
被保險人之父、養父或母、養母死亡時，其喪葬津貼僅能擇一請領。