一、憲法增修條文第十一條明定涉及兩岸人民權利義務關係及其他事務之處理，得以法律為特別之規定，立法真意乃賦予政府處理兩岸事務之彈性，使政府得制定特別法優先於普通法適用，而非表示政府處理兩岸事務時享有得選擇立法或得不選擇立法而直接以行政命令取代的裁量空間，否則即與法律保留、立法優位、行政權應向立法權負責之普世憲政原理不符。因此，為落實我國憲法權力分立、平等相維之精神，強化代表民意之立法院對於兩岸事務之監督功能，爰明定兩岸簽署任何協議，都須送立院審議，且其審議不限於事後追認，應同時包括事前之同意與授權。

二、在現今兩岸協議建構發展模式下，無論是實質內容或談判進程的監督，立法院受限於現行規定，只有被動性的事後追認或備查權，在協議完成簽署之前幾無代表民意監督之餘地，然兩岸協議關乎國家與人民權益重大，自應改正本條例目前對於行政院「空白授權」之不當。基於落實主權在民原則，並尊重行政部門對外談判的固有職權，參酌先進國家國會之作法，爰修正本條，新增立法院於協議簽署前，得為適度之事前監督，事後並得逐條實質審查，履行代表多元民意及國家最高意志之憲法機關使命，並能強化兩岸協議之正當性，有助於凝聚全民共識，進而轉化為支持行政部門增進兩岸關係的良性力量，創造政府與人民間、行政與立法兩權間互利雙贏的民主法治新紀元。

三、基於法律保留原則，避免行政權凌駕於立法權，爰增訂第二項，以保障立法院善盡實質監督兩岸協議之制度性功能。

四、有鑑於兩岸協議涉及專門技術性、經驗性、事務性、細節性之事項日益增加，為協助立法院實質審查，爰增訂第三項，賦予院長遴派學者專家或其他社會公正人士組成專業審查小組，俾以提供立法委員審查時重要參考。為維持審查小組之超然客觀，並限制同一黨籍者不得超過三分之一。

五、考量兩岸協議之審查，涉及機密事項，爰保留本條舊有第二項後段之規定，修正移列至第四項，作為召開機密會議之依據。