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第五條
依第四條第三項或第四條之二第二項，受委託簽署協議之機構、民間團體或其他具公益性質之法人，應將協議草案報經委託機關陳報行政院同意，始得簽署。
協議之內容涉及法律之修正或應以法律定之者，協議辦理機關應於協議簽署後三十日內報請行政院核轉立法院審議；其內容未涉及法律之修正或無須另以法律定之者，協議辦理機關應於協議簽署後三十日內報請行政院核定，並送立法院備查，其程序，必要時以機密方式處理。
協議之內容涉及法律之修正或應以法律定之者，協議辦理機關應於協議簽署後三十日內報請行政院核轉立法院審議；其內容未涉及法律之修正或無須另以法律定之者，協議辦理機關應於協議簽署後三十日內報請行政院核定，並送立法院備查，其程序，必要時以機密方式處理。
依第四條第三項或第四條之二第二項，受委託簽署協議之機構、民間團體或其他具公益性質之法人，於協議協商開始前，應針對協議之目的、影響及策略等事項經委託機關陳報行政院向立法院提出評估報告，並應經院會同意。
協議協商期間，應向人民主動公開簽署程序及執行之相關資訊，不定期向立法院提出進度報告。其程序，必要時以機密方式處理。
協議協商完成後，應將協議草案報經委託機關陳報行政院同意，始得簽署。
除協議之內容與國內法律相同者外，協議辦理機關應於協議簽署後三十日內報請行政院核轉立法院審議。其程序，必要時以機密方式處理。
現有協議之修正，協議辦理機關應按本條規定辦理之。
協議施行後，立法院得要求主管機關提出檢討報告。
協議協商期間，應向人民主動公開簽署程序及執行之相關資訊，不定期向立法院提出進度報告。其程序，必要時以機密方式處理。
協議協商完成後，應將協議草案報經委託機關陳報行政院同意，始得簽署。
除協議之內容與國內法律相同者外，協議辦理機關應於協議簽署後三十日內報請行政院核轉立法院審議。其程序，必要時以機密方式處理。
現有協議之修正，協議辦理機關應按本條規定辦理之。
協議施行後，立法院得要求主管機關提出檢討報告。
立法說明
一、馬英九總統上任以來，積極進行兩岸各種議題的談判，並簽署相關協議。但檢視過去以來的例子，無論是三通、兩岸經濟合作架構協議（ECFA）、乃至於目前的服務貿易協定，以及未來的商品貿易協議等。種種各項涉及台灣經濟發展、產業衝擊、國家安全的重大協議，洽簽過程中，沒有進行任何影響評估、資訊公開之機制，整個協商過程猶如黑箱作業。台灣社會完全沒有任何監督的機會，以至於行政部門在協議完成簽署後，便強迫立法院及台灣社會一體承受，悍然不顧多數民意的疑慮與反對。上述涉及影響台灣人民重大權益之事件，代表民意的立法院應當扮演積極監督角色。
二、立法院為我國最高民意機關，共同參與兩岸重大政策形成有其正當性，亦可讓我國兩岸政策更為貼近民意，同時作為行政部門拒絕中國不合理要求的後盾。惟有鑑於過去立法院監督兩岸事務、協議簽署及其重大突發事件之決策與執行，並無任何機制與手段，可以針對協商的過程實質監督，讓談判的結果反映民意。因此，修正《台灣地區與大陸地區人民關係條例》有其必要性。
三、惟與他國締結國際書面協定，內容直接涉及國家重要事項或影響人民之權利有其重要意義，又，我國與中國仍存有敵對關係，針對兩岸協議協商之監督機制，應謹慎為之。參考歐盟、美國、韓國等先進國家締結條約程序暨執行之相關法律，本席以為，未來涉及兩岸協議簽署的相關監督工作，協議協商開始前，提出事前評估報告並應經院會同意。協商期間，應主動向人民公開簽署資訊，不定期向立法院提出進度報告。協議簽署後，立法院擁有實質審議權，協議施行後亦得要求行政機關提出檢討報告。避免行政機關洽簽與執行過程再次便宜行事、黑箱作業、強勢主導不顧民意。
二、立法院為我國最高民意機關，共同參與兩岸重大政策形成有其正當性，亦可讓我國兩岸政策更為貼近民意，同時作為行政部門拒絕中國不合理要求的後盾。惟有鑑於過去立法院監督兩岸事務、協議簽署及其重大突發事件之決策與執行，並無任何機制與手段，可以針對協商的過程實質監督，讓談判的結果反映民意。因此，修正《台灣地區與大陸地區人民關係條例》有其必要性。
三、惟與他國締結國際書面協定，內容直接涉及國家重要事項或影響人民之權利有其重要意義，又，我國與中國仍存有敵對關係，針對兩岸協議協商之監督機制，應謹慎為之。參考歐盟、美國、韓國等先進國家締結條約程序暨執行之相關法律，本席以為，未來涉及兩岸協議簽署的相關監督工作，協議協商開始前，提出事前評估報告並應經院會同意。協商期間，應主動向人民公開簽署資訊，不定期向立法院提出進度報告。協議簽署後，立法院擁有實質審議權，協議施行後亦得要求行政機關提出檢討報告。避免行政機關洽簽與執行過程再次便宜行事、黑箱作業、強勢主導不顧民意。
第五條之三
簽署涉及國家主權變更、結束敵對狀態、兩岸和平協議、建立軍事互信機制之政治性協議協商開始前，委託機關應陳報行政院提報立法院，並經院會同意。
協議協商期間，應向人民主動公開簽署程序及執行之相關資訊，不定期向立法院提出進度報告。
協議協商完成後，受委託辦理協商之單位應將協議草案報經委託機關陳報行政院向立法院提出書面報告，並依照公民投票法相關規定辦理公民投票案通過，始得簽署。
協議協商期間，應向人民主動公開簽署程序及執行之相關資訊，不定期向立法院提出進度報告。
協議協商完成後，受委託辦理協商之單位應將協議草案報經委託機關陳報行政院向立法院提出書面報告，並依照公民投票法相關規定辦理公民投票案通過，始得簽署。
立法說明
為避免馬英九政府私下偷渡政治性協議，本席主張，為保障國家主權，未來涉及兩岸政治性協議之洽簽，應由立法院依據《公民投票法》規定發起公民投票，該公投案通過後始得進行後續協商。而這樣的主張，也符合馬英九總統2011年10月17日在「黃金十年」記者會之訴求，其強調政府推動洽簽和平協議，是為了讓兩岸和平的現狀得以制度化、沒有時間表，且一定符合「十大保證」：一個架構、兩個前提、三個原則及四項確保，並強調「一定會先交付人民公投，公投未過，就不會推動簽署兩岸和平協議」。
